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莖部不同：芍藥屬于草本植物，莖部是草質的；牡丹是一種木本植物，莖部是木質的。葉子區別：芍藥的葉子是比較窄的，葉端部分比較長，葉子背面有時會有毛；牡丹的葉子是相對較寬，背面沒有毛。花朵區別：芍藥的花朵偏小一些，直徑大約15厘米左右；牡丹花型要大一些，直徑大約20厘米。
芍藥是宿根塊莖類的植物，屬于草本植物，所以莖部是草質的，到了秋冬季節，天氣轉涼后，地上部分會枯萎死掉。
牡丹是一種木本植物，莖部是屬于木質的，到了秋冬寒冷的時候，雖然會出現落葉，但是地上部分會保持不死。
芍藥的葉子是比較窄的，葉端部分比較長，并且有些尖，長度約為20-24厘米左右。葉子正面的顏色比較多樣，有綠色、深綠色、黃綠色等，葉子背面的顏色為粉綠色，有時會有毛，有時后面無毛。
牡丹的葉子是相對較寬，長度大約7-8厘米左右，寬度大約為5.5-7厘米左右，葉子正面是綠的，背面是淡綠色的，有時會具有白粉，背面是沒有毛的，沿著葉脈的部分是稀疏分布一點柔毛。
芍藥的花期在春末夏初，時間略晚一些，花朵偏小一些，直徑大約15厘米左右。
牡丹的花期在春季三月份左右，也就是初春季節，花型要比前者大一些，直徑大約20厘米左右。
